Священномученик Флегонт Понгильский родился 28 марта 1871 года в селе Каряево Угличского уезда Ярославской губернии в семье священника Николая Понгильского. Он был младшим братом священномученика Николая Николаевича Понгильского, который был прославлен в лике новомучеников Российских.
Флегонт окончил Ярославскую Духовную семинарию и начал свою карьеру учителем в церковно-приходской школе в селе Смоленском Ярославского уезда. В 1895 году он был рукоположён во священника для храма в селе Васильевское, а через два года был переведён в храм в селе Железный Борок. В 1905 году отец Флегонт стал священником Никольского храма в Ярославле и вел занятия по Закону Божьему в нескольких образовательных учреждениях города.
Во время Первой мировой войны он служил священником при 663-м пехотном полку и оказывал поддержку в военных лазаретах. Его ревностное служение сделало его известным в Ярославле, и с 1915 года он стал служить в храме великомученика Димитрия Солунского. В этом же году он был награждён золотым наперсным крестом, а несколько лет спустя был возведён в сан протоиерея.
Протоиерей Флегонт был арестован 7 сентября 1929 года в период добалившихся гонений на Русскую Православную Церковь. Аресты священнослужителей стали повседневностью, и отцу Флегонту инкриминировали антисоветскую деятельность, основанную на его переписке с духовенством и обсуждении вопросов, касающихся положения Церкви.
3 января 1930 года Коллегия ОГПУ приговорила его к трём годам ссылки в Северный край. Освобождённый 10 ноября 1932 года, отец Флегонт попытался вернуться к семье и устроился работать на железной дороге, но вскоре был уволен. Он поселился в поселке Петушки и работал сторожем.
В 1937 году произошли масштабные репрессии против Русской Православной Церкви. Протоиерей Флегонт был арестован 4 декабря 1937 года и помещён в Таганскую тюрьму, где ему было предъявлено обвинение в контрреволюционных взглядах. На следствии он заявил: «Я себя виновным в контрреволюционной деятельности не признаю».
9 декабря 1937 года НКВД приговорила его к десяти годам заключения в концентрационном лагере. Протоиерей Флегонт Понгильский скончался 23 апреля 1938 года в одном из лагерей Новосибирской области и был похоронен в безвестной могиле. Он был прославлен в лике святых новомучеников и исповедников Российских 13−16 августа 2000 года на Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви.
«Жития новомучеников и исповедников Российских ХХ века. Апрель». Тверь. 2006. С. 129−132
